目前生物分类以1969年魏泰克发表的“五界说”最为普遍,分别原核生物界、原生生物界、植物界、动物界、真菌界.然而由于五界说并没有纳入病毒、噬菌体、类病毒等,因此卡尔·沃斯等人于1990年发表了“三域系统”,将上述生物纳入其中,分为细菌域、古菌域、真核域.
原核生物界（Prokaryotae）：三域系统中的古菌域与细菌域同归于原核生物界.五界说的原核生物界则是包括没有核膜的细菌等.
古菌域（Archaea）：一般生存于极端环境,如深海、盐湖、火山口等.包括嗜盐菌、一些超嗜热菌、嗜酸菌等.参见古菌分类表.
细菌域（Bacteria）：包括蓝绿菌（原名蓝绿藻）、放线菌、衣原体、支原体、立克次体等.参见细菌分类表.
真核域（Eukarya）
原生生物界（Protista或Protoctista）：五界说中最备受争议、也最为复杂的一群.主因是其他四界皆有明确之规定,而剩余的都被归于这一类,因此2000年、2006年的新分类法将原生生物界再细分成三界,但一般国高中教科书仍以五界说作为主要讨论内容,只有专家学者才会深入研究.原生生物多半为单细胞及单细胞复合体（即介于单细胞与常见的多细胞生物,能以单细胞或多细胞的形式存活,可能在不同阶段、或因环境恶劣而改变形式.多细胞生物的定义是聚集、细胞间有分工以及讯息传递）.
真菌界（Fungi）：包括接合菌、子囊菌、担子菌、壶菌、聚合菌和微孢子虫.所谓聚合菌一般称为黏菌slime(即史莱姆).但事实上在五界说中,黏菌、壶菌会被归在原生生物界中,而且彼此关系甚远.但是在提到真菌fungi一词时,仍然会将之一起比较.参见真菌分类表.
植物界（Plantae）：包含绿藻、轮藻、苔藓植物、蕨类植物、种子植物等.在五界说中,除了极少数在分类上有争议的绿藻部份为单细胞（争议点为归属于Protista）,否则原则上植物界皆为多细胞.参见植物分类表 (NCBI).