细胞质基质是除去能分辨的细胞器和颗粒以外的【细胞质】中胶态的基底物质,其中存在几千种酶.大多数中间代谢（包括糖酵解、糖原异生作用以及糖、脂肪酸、核苷酸和氨基酸的合成）都是在胞质溶胶中进行的.细胞质基质是活细胞进行新陈代谢的主要场所,其为新陈代谢的进行,提供所需要的物质和一定的环境条件.例如,提供ATP、核苷酸、氨基酸等.
线粒体基质：线粒体有内外两层膜,内膜的某些部位向线粒体的内腔折叠形成嵴,【嵴】的周围充满了液态的基质----这些基质就是线粒体基质,其中含有许多有氧呼吸有关的酶.
两者区别主要有：①位置不同：细胞质基质位于细胞膜内、细胞器与细胞核外的细胞质处,线粒体基质位于线粒体内,嵴周围.【注】：线粒体基质不属于细胞质基质②所含酶种类不同:线粒体基质含有的酶主要应用于有氧呼吸,细胞质基质所含酶的种类相比较较丰富一些③充当不同生理代谢反应或反应阶段的反应场所