I have been in Beijing for three years.我在北京已经住了三年了(现在仍住在北京)
have you been to 到过某地,你现在可能在那儿,也可能不在那儿了.它表示一种经历.
I have been to Beijing many times.我到过北京许多次(现在可能在北京,也可能不在)
应当注意的是,在现在完成时中,动作本身在过去的某个时刻已经开始,这个动词或持续到现在,或者刚刚结束,有了结果;总之,动作的结束时间就是到说话时为止.所以have been to和have been in有一个共性就是,都是强调到目前为止,这样一个时间概念.