解题思路：基因突变指DNA分子中发生碱基对的替换、增添、缺失，而引起基因结构的改变．碱基对的替换，控制蛋白质中氨基酸的数目不变，碱基对的增添或缺失可能会使蛋白质中氨基酸数目增多，也可能使其数目减少．
（1）由图可知，AGPaes基因1通过控制酶的合成来控制水稻代谢过程，进而使水稻表现出低产．
（2）从图中可以看出，AGPaes基因2对应酶氨基酸数目比AGPaes基因1对应酶氨基酸数目多2个，表明AGPaes基因发生了碱基对的增添或缺失，突变为AGPaes基因2． A+T=54%，则A=T=27%，C=G=23%，一条单链中，G为22%，占DNA双链的11%，则另一条链G占双链23%-11%=12%，占另一条链的24%，则该单链C为24%，转录生成的RNA的G与之互补配对，占RNA的24%．
（3）①在杂交育种过程中，从F2代起，一般要进行多代自交和选择，自交的目的是提高子代纯合子比例，获得需要的纯合子．
②每一代出现的基因突变数是：3.75×104×2×10-5×107=7.5×106．
③一个种群个体数量下降会导致种群基因数量下降，即基因多样性下降．
故答案为：
（1）AGPaes基因1通过控制酶的合成来控制水稻代谢过程，进而使水稻表现出低产（淀粉含量低）的性状（或答基因通过控制酶的合成来控制代谢过程，进而控制生物体的性状）
（2）增添或缺失 24%
（3）①多代自交和选择 获得纯合子
②7.5 x 106
③基因多样性
点评：
本题考点： 基因突变的原因；DNA分子结构的主要特点；基因、蛋白质与性状的关系；生物进化与生物多样性的形成．
考点点评： 本题考查遗传分子基础和生物进化相关知识，综合考查了基因突变、DNA分子结构、基因与性状关系和生物进化等内容．