解题思路：根据题意和图示分析可知：由于该品系成年小鼠的体重受独立遗传的三对等位基因A-a、D-d、F-f控制，且分别位于三对同源染色体上，符合基因的自由组合规律，同时三对等位基因控制的显性基因具有叠加效应．
（1）由于该品系成年小鼠的体重受独立遗传的三对等位基因A-a、D-d、F-f控制，每对基因有3种组合，所以控制体重的基因型有3×3×3=27种；亲本杂交获得F1，F1雌雄个体相互交配获得F2，则F2中成鼠体重与父本相同的个体占[1/4×
1
4×
1
4]=[1/64]，与母本相同的个体占[1/4×
1
4×
1
4]=[1/64]，所以与亲本相同的个体占[1/64]+[1/64]=[1/32]．
（2）减数分裂过程中同源染色体分开，非同源染色体自由组合，故基因性染色体组成为XXY的小鼠在形成精子的时候，可形成性染色体组成不同的4种配子：XX、Y、XY、X．
（3）根据题意分析：如果另一对等位基因也位于1、2号染色体上，则完全连锁，符合基因分离规律；如果另一对等位基因不位于1、2号染色体上，则符合基因自由组合规律．因此可让图中的父本和母本杂交得到F1，再让F1雌雄成鼠自由交配得到F2，观察统计F2中小鼠的毛色．若子代小鼠毛色表现为黄色：鼠色：白色=9：3：4，则另一对等位基因不位于1、2号染色体上；若子代小鼠毛色表现为黄色：白色=3：1，则另一对等位基因也位于1、2号染色体上
（4）根据亲本的F1的基因型分别是Ee、ee（各占一半），又由于F1中雌雄个体自由交配，根据基因频率来计算F2代中各基因型频率．也就是E=[1/4]，e=[3/4]．根据哈代温伯格定律F2代中的EE基因型频率为[1/16]，Ee基因型频率为[6/16]，ee基因型频率为[9/16]，所以正常情况下F2中有毛应占[7/16]（大于实际情况F2中有毛占[2/5]），说明有毛性状中存在致死现象．若EE为致死个体，去掉该部分后Ee（有毛）占[6/15]，即[2/5]，无毛ee占[3/5]，符合题意，故是EE纯合致死．
故答案为：
（1）27[1/32]
（2）4
（3）让F1雌雄成鼠自由交配得到F2（或让多只F1雌鼠与父本小白鼠交配）
观察统计F2中小鼠的毛色（或观察统计子代小鼠的毛色性状分离比）
①子代小鼠毛色表现为黄色：鼠色：白色=9：3：4（或黄色：鼠色：白色=1：1：2）
②子代小鼠毛色表现为黄色：白色=3：1（或黄色：白色=1：1）
（4）E基因显性纯合致死
点评：
本题考点： 基因的自由组合规律的实质及应用．
考点点评： 本题考查遗传相关知识，意在考查考生对知识点的理解和学生的识图能力、获取信息、分析问题、解决问题的灵活应用能力．