解题思路：根据题意和图示分析可知：图1中含有两条肽链，共51个氨基酸；图2中含3个肽键，共4个氨基酸．明确知识点，梳理相关的基础知识，分析题图，结合问题的具体提示综合作答．
A、由图1可知，该蛋白质中含有两条肽链，肽键数=（21-1）+（30-1）=49，A正确；
B、图2中①为氨基，②④⑥⑧为R基，③⑤⑦为肽键，⑨为羧基，B错误；
C、从图2中肽链的R上含有两个羧基，每条肽链的末端各含有一个羧基，推知该蛋白质至少含有4个游离的羧基，C正确；
D、因为每个氨基酸对应一个密码子，所以控制该蛋白质合成的mRNA中至少含有的密码子个数为21+30=51，D正确．
故选：B．
点评：
本题考点： 蛋白质的合成——氨基酸脱水缩合．
考点点评： 本题考查蛋白质的相关知识，意在考查学生对所学知识的要点的理解，把握识图能力以及知识间的内在联系的能力．