解题思路：已知现有控制植物高度的两对等位基Aa和Bb，位于不同的同源染色体上，即遵循基因的自由组合定律．以累加效应决定植株的高度，且每个显性基因的遗传效应是相同的．纯合子AABB高50厘米，aabb高30厘米，所以每个显性基因累加的高度是5厘米．
由题意分析已知，纯合子AABB高50厘米，aabb高30厘米，且每个显性基因累加的高度是5厘米，所以求F2中表现40厘米高度的个体基因型实际上就是求基因型中有2个显性基因的个体．AABB高50厘米，aabb高30厘米，这两个纯合子之间杂交得到Fl基因型为AaBb，株高为40厘米．再让FlAaBb自交，后代有9中基因型，其中含有两个显性基因（株高40厘米）的个体的基因型有AAbb、aaBB、AaBb，共3种．
故选：C．
点评：
本题考点： 基因的自由组合规律的实质及应用．
考点点评： 本题考查基因的自由组合定律的实质及应用相关知识点，意在考查学生对所学知识的理解与掌握程度，培养学生判断基因型和表现型的能力