解题思路：豌豆的高茎和矮茎是一对相对性状，控制高茎的基因和控制矮茎的基因是一对等位基因．等位基因是指同源染色体上控制相对性状的一对基因，两者的根本区别在于脱氧核苷酸的排列序列不同．
A、等位基因的脱氧核苷酸的排列序列不同，A错误；
B、等位基因控制一对相对性状，B错误；
C、组成等位基因的脱氧核苷酸种类相同，都由四种脱氧核苷酸组成，C错误；
D、等位基因位于同源染色体相同位置上，D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 基因与DNA的关系．
考点点评： 本题考查等位基因的相关知识，首先要求考生识记等位基因的概念，明确豌豆控制高茎的基因和控制矮茎的基因是一对等位基因；其次要求考生识记基因与DNA的关系，等位基因与同源染色体的关系，能对各选项作出正确的判断．