对于A,长方体是四棱柱,在六个表面中有三对面相互平行,故A错误;
对于B,∵正棱柱的底面是正多边形,且是直棱柱,
∴底面是正方形的直四棱柱是正四棱柱,正确;
对于C,正棱台的底面是正多边形,且棱台之侧棱延长后的交点在两底面的射影均为正多边形的中心(或用平行于底面的平面去截正棱锥,截面与底面之间的部分为正棱台),故C错误;
对于D,正四棱锥的底面是正方形,且棱锥顶点在底面的射影为正方形的中心,故D错误;
综上分析,判断正确的是B.
故选:B.
对于A,长方体是四棱柱,在六个表面中有三对面相互平行,故A错误;
对于B,∵正棱柱的底面是正多边形,且是直棱柱,
∴底面是正方形的直四棱柱是正四棱柱,正确;
对于C,正棱台的底面是正多边形,且棱台之侧棱延长后的交点在两底面的射影均为正多边形的中心(或用平行于底面的平面去截正棱锥,截面与底面之间的部分为正棱台),故C错误;
对于D,正四棱锥的底面是正方形,且棱锥顶点在底面的射影为正方形的中心,故D错误;
综上分析,判断正确的是B.
故选:B.