解题思路：基因自由组合定律的实质是：非同源染色体上的非等位基因自由组合，两个“非”缺一不可；种群基因频率改变只能说明生物进化了，但不能说明新物种的形成；DNA连接酶和限制性内切酶都能作用于磷酸二酯键；多基因遗传病不遵循遗传定律．
A、非等位基因不一定能够自由组合，如同源染色体上的非等位基因不能自由组合，故A错误；
B、生物进化的实质是种群基因频率的改变，所以种群基因频率改变只能说明生物进化了，但不能说明新物种的形成，故B错误；
C、DNA连接酶能将DNA片段的磷酸二酯键连接起来，而限制酶能将特定位点间的磷酸二酯键断开，故C正确；
D、原发性高血压、青少年型糖尿病属于多基因遗传病，不遵循孟德尔的遗传定律，故D错误．
故选C．
点评：
本题考点： 基因工程的原理及技术；基因频率的变化．
考点点评： 本题考查基因自由组合、生物进化、基因工程及人类遗传病的相关知识，意在考查考生的识记能力和理解所学知识要点，把握知识间内在联系的能力；能运用所学知识，对生物学问题作出准确的判断的能力．