起始密码子就是从这个碱基开始决定蛋白质合成,蛋白质是由许多氨基酸组成的,而组成蛋白质的第一个氨基酸就是有起始密码子决定的（你可以这样理解）.启动子并不合成蛋白质,就是事先告诉你再过几个碱基就快要合成蛋白质了,做好准备,启动子在起始密码子之前,两者之间还隔着一些碱基,这之间的碱基是不翻译成氨基酸的.启动子就像是预先通知一样,而真正的上演是从起始密码子开始,到终止密码子结束的（终止密码子不翻译成氨基酸）
如果你学了编码区和非编码区,就会很容易了解了.启动子在非编码区,他不参加转录,而起始密码子在编码区,参加转录,决定蛋白质的合成.
这样说应该很通俗易懂了吧.