解题思路：已知水稻的基因型为AaBb，由两对等位基因控制，所以每对基因都遵循基因的分离定律，两对基因遵循基因的自由组合定律．
Aa×Aa→AA、Aa、aa，比例为1：2：1，其中AA占[1/4]、aa占[1/4]．同理，Bb×Bb→BB、Bb、bb，比例为1：2：1，其中BB占[1/4]、bb占[1/4]．
基因型为AaBb的水稻自交，后代会出现4种表现型、9种基因型．其中两对基因都是纯合的个体的基因型是AABB、aaBB、AAbb、aabb四种，占总数的比例为[1/4×
1
4]+[1/4×
1
4]+[1/4×
1
4]+[1/4×
1
4]=[4/16]=[1/4]．
故选：B．
点评：
本题考点： 基因的自由组合规律的实质及应用
考点点评： 本题考查的知识点是基因的自由组合定律，意在培养学生利用所学知识分析问题和解决问题的能力．