解题思路：从54个学生中用系统抽样抽取4个人的一个样本，分组时要先剔除两人后分成4个小组，每一个小组有13人，第一个学号是3，第二个抽取的学号是3+13，可以依次写出所需要的学号．
从54个学生中用系统抽样抽取4个人的一个样本，
分组时要先剔除两人后分成4个小组，
每一个小组有13人，
∵学号为3号，29号，42号的同学在样本中，即第一个学号是3，
∴第二个抽取的学号是3+13=16，
故答案为：16
点评：
本题考点： 系统抽样方法．
考点点评： 本题考查系统抽样方法，考查抽样过程中的分组环节，考查分组后选出的结果有什么特点，本题是一个基础题，若出现则是一个送分题目．