that comes in （收集来的）是waste paper 的定语,“Over a third of the waste paper that comes in ”（收集来的废纸三分之一）；leaving：现在分词,基本意思是“留下了..”；in terms of："就...而言”第一个句子可以译成：收集来的废纸三分之一不能用于再生纸（的生产）,（因此）如何处理（剩余部分）就成了问题.第二句译文：然而这种高质量是以产生大量的浪费（或废料,视情况而定）为代价的.（注意but一词的转折意义,强调高品质所付出的代价.）
英语翻译求达人指点迷津Over a third of the waste paper that comes in can