这里的他们应该指的是动物吧?译文如下：
如果这些都能像人类设计新房子那样,动物也能有周密的计划和仔细的考虑,那么动物的巢穴在式样上也会有所变化和改进的.
these things were all planned是被动语态,完整的句子就是these things were all planned by animals,表示事情已经被计划好.后面的them指代动物的房子也就是巢穴.这个句子的语法结构很简单if···,···（如果···那么···）thought out 是“慎重思考”的意思,just as是“正如”