解题思路：DNA分子是由两条脱氧核糖核苷酸链组成的两条链之间的碱基通过氢键连接形成碱基对，碱基对之间遵循A与T配对，G与C配对的配对原则，配对的碱基数量相等．
（1）由题意知，某DNA分子中含有400个碱基对，800个碱基，胸腺嘧啶T是120个，那么腺嘌呤A=120个，该DNA分子中G=C=（800-120×2）÷2=280个，又因为A=T对含有2个氢键，G=C对3个氢键，所以氢键数=120×2+280×3=1080个．
（2）根据DNA分子的结构特点可知一个DNA分子只有2个游离的脱氧核糖和2个游离的磷酸基团．
故选：D．
点评：
本题考点： DNA分子结构的主要特点
考点点评： 对于DNA分子中碱基互补配对原则的理解，并进行简单计算的能力是本题考查的重点．