解题思路：现代生物进化理论认为：种群是生物进化的基本单位，生物进化的实质是种群基因频率的改变．突变和基因重组，自然选择及隔离是物种形成过程的三个基本环节，突变和基因重组产生生物进化的原材料，自然选择使种群的基因频率定向改变并决定生物进化的方向，隔离是新物种形成的必要条件．
A、种群是生物进化的基本单位，也是生物繁殖的基本单位，A错误；
B、地理隔离不一定导致生殖隔离，如东北虎与华南虎存在地理隔离，但没有形成生殖隔离，B错误；
C、自然选择通过作用于个体而影响种群的基因频率，C正确；
D、细菌没有染色体，进化的原材料只能来自基因突变，D错误．
故选：C．
点评：
本题考点： 生物进化与生物多样性的形成；物种的概念与形成．
考点点评： 本题考查生物进化与物种的形成，要求学生识记现代生物进化理论的基本内容，理解物种形成的过程．