细胞质遗传和细胞核遗传的区别主要有以下几点：
（1）细胞质和细胞核的遗传物质都是DNA分子,但是其分布的位置不同.细胞核遗传的遗传物质在细胞核中的染色体上；细胞质中的遗传物质在细胞质中的线粒体和叶绿体中.
（2）细胞质和细胞核的遗传都是通过配子,但是细胞核遗传雌雄配子的核遗传物质相等,而细胞质遗传物质主要存在于卵细胞中；
（3）细胞核和细胞质的性状表达都是通过体细胞进行的.核遗传物质的载体（染色体）有均分机制,遵循三大遗传定律；细胞质遗传物质（具有DNA的细胞器如线粒体、叶绿体等）没有均分机制,是随机分配的.
（4）细胞核遗传时,正反交相同,即子一代均表现显性亲本的性状；细胞质遗传时,正反交不同,子一代性状均与母本相同,即母系遗传.