解题思路：基因分离定律的实质：在杂合子的细胞中，位于一对同源染色体上的等位基因，具有一定的独立性；生物体在进行减数分裂形成配子时，等位基因会随着同源染色体的分开而分离，分别进入到两个配子中，独立地随配子遗传给后代．
根据基因分离定律，a1a2×a3a4→F1的基因型及比例为a1a3：a1a4：a2a3：a2a4=1：1：1：1，其中基因型为a1a3的个体占[1/4]，因此F1中，两个个体基因型都为a1a3的概率是[1/4×
1
4=
1
16]．
故选：A．
点评：
本题考点： 基因的分离规律的实质及应用
考点点评： 本题考查基因分离定律的实质及应用，要求考生掌握基因分离定律的实质，根据亲本的基因型推断子代基因型、表现型及比例，再根据题干要求选出准确的答案．