解题思路：蛋白质的合成包括转录和翻译两个阶段，转录是以DNA的一条链为模板形成mRNA的过程，翻译是以mRNA为模板合成肽链的过程，因此DNA分子中碱基数：mRNA中碱基数：肽链中氨基酸数=6：3：1．
DNA以一条链为模板，通过转录形成mRNA，mRNA中每三个相邻的碱基决定一个氨基酸，因此，DNA中的碱基数：mRNA中的碱基数：氨基酸数为6：3：1．所以控制30个氨基酸构成的多肽合成的mRNA和转录mRNA的基因中的碱基的最少个数分别是90和180．
故选：C．
点评：
本题考点： 遗传信息的转录和翻译．
考点点评： 本题考查了转录和翻译过程中的相关计算，意在考查考生的理解能力和数据处理能力，属于简单题．考生在计算时要灵活利用公式：DNA中的碱基数：mRNA中的碱基数：氨基酸数=6：3：1．