一楼说的是一个可能原因,就是各亚基分子量太过接近.
如果各亚基的差别足够大,用SDS电泳分离是可行的,则我有如下建议改进实验条件：
我假定楼主的目标条带是胶上部五分之一到四分之一处的三细三粗条带.则此蛋白看起来分子量很大.建议楼主降低胶的浓度,延长电泳时间,让目标蛋白可以跑下来.
楼主的样本看起来是较纯的蛋白质,小分子量的部分如果不需要完全可以让它们跑出去,即不必要在溴酚兰到底时就停止电泳.
现在已经知道目标蛋白和marker条带之间的关系,完全可以靠marker准确估计目标蛋白的位置.最好电泳至目标蛋白进入到胶的下半部,这样达到最大分离效果.前提是胶的浓度适合,否则再怎么跑下来也分离不开.粗略地讲,100-200kd的蛋白可以使用5-10%acrylamide.