A、反应中所涉及的三种物质都是由分子构成：氢气由氢分子构成、氯气同氯分子构成、氯化氢气体由氯化氢分子构成；故A不正确；
B、该反应的过程为构成氢分子的氢原子与构成氯分子的氯原子重新结合成氯化氢分子，因此可得知化学变化的实质是分子破裂成原子，原子重新组合成新分子；故B正确；
C、利用微观示意图从分子、原子的角度分析变化，体现出化学是从原子、分子角度研究物质的组成、结构、性质及其变化；故C正确；
D、根据反应的微观示意图可知氢分子与氯分子能反应生成氯化氢分子，三种分子构成不同，化学性质也不相同；故D正确；
故选A．