有不少,不太好概括
金属单质 稀有气体单质 及碳(石墨 金刚石) 磷
大致分为：
1 金属单质（所有金属物质）
2 稀有气体单质（即单原子分子：氦、氖、氩、氪、氙、氡,其中氡有放射性）
3 原子晶体（原子之间以共价键即公用电子对连接的物质,如石墨,钻石,晶体硅、二氧化硅、氯化铝等,这类物质没有所谓的保持化学性质的最小微粒,即没有真正意义上的分子式,有的只是不同原子间的最简整数比,当然单质除外,也就是说,对于这类物质,你可以将其理解为大小能任意变化的单个分子,它们的原子数可以任意变化,但比例保持不变）
需要指出的是：所有单质都是由原子直接构成的（由一种原子组成的混合物除外,如氧气和臭氧组成的混合物不是单质）其外,所有的原子晶体不管是单质还是化合物都是由原子直接构成的,这是由其自身的特性决定的,另外我在上面将氯化铝也列为共价化合物并没错,这是因为铝是两性金属,能表现出一定的非金属特性.但并非所有的共价化合物都是原子晶体 .
由原子直接构成的物质,严格地讲只有原子晶体是由原子直接构成的物质.
像金刚石、晶体硅、水晶（二氧化硅）、金刚砂（碳化硅）、氮化硅陶瓷等.
金属单质并不是由原子直接构成的物质.金属晶体是由金属阳离子和自由电子构成的.
稀有气体：是分子晶体.当然稀有气体有特殊性,它的一个分子就是一个原子,因此勉强可以沾点边吧.不过最好别把它算在由原子构成的物质.