解题思路：种群指在一定时间内占据一定空间的同种生物的所有个体．群落指生活在一定的自然区域内，相互之间具有直接或间接关系的各种生物的总和．生态系统是指在一定的空间和时间范围内，在各种生物之间以及生物群落与其无机环境之间，通过能量流动和物质循环而相互作用的一个统一整体．
A、一个培养皿中固体培养基上生长的一个菌落是一个种群，A错误；
B、群落演替过程中新的优势种的出现常取代原有优势种，但原有优势种并未被淘汰，B错误；
C、发展生态农业可以实现物质循环，能量不能循环利用，C错误；
D、生态系统营养结构越复杂，抗外力干扰的能力越强，抵抗力稳定性越高，D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 生态系统的稳定性；群落的演替；农业生态系统中的能量流动．
考点点评： 本题考查种群、群落和生态系统，要求考生识记种群、群落和生态系统的概念，能正确区分三者；还要求考生掌握种群、群落的特征，能运用所学的知识对各选项作出正确的判断．