解题思路：生物多样性的内涵通常包括三个方面，即生物种类的多样性、基因的多样性和生态系统的多样性．
A、生物多样性的内涵通常包括生物种类的多样性、基因的多样性和生态系统的多样性，A正确．
B、农田生态系统中生物单一，以某一种农作物为主，生物种类很少，B正确．
C、生物圈包括地球上所有的生物和生物生存的环境，因此生物圈中的生物多样性是非常丰富的，C正确．
D、基因决定生物的性状，生物多样性的实质、基础是基因的多样性，D错误．
故选：D
点评：
本题考点： 生物的多样性的内涵．
考点点评： 解答此类题目的关键是理解生物多样性的内涵．