解题思路：同一生物体内不同部位的细胞DNA、基因、转运RNA相同，但RNA和蛋白质不完全相同；呼吸酶基因和ATP合成酶具有在所有细胞中都表达，与细胞分化无关；密码子是信使RNA上决定氨基酸的3个相邻的碱基，共有64种，决定氨基酸的密码子有61种；终止密码子有3种，不决定氨基酸．
①不同DNA中可能储存相同的遗传信息，如DNA聚合酶基因、呼吸酶基因等，①正确；
②不同组织细胞中可能有相同的基因进行表达，如ATP合成酶基因，②正确；
③不同mRNA中存在相同的密码子，如起始密码子和终止密码子，③错误；
④同一个mRNA翻译出的多肽链排列顺序相同，④错误．
故选：C．
点评：
本题考点： DNA分子的多样性和特异性；细胞的分化；RNA分子的组成和种类．
考点点评： 本题考查细胞分化、密码子和翻译的相关知识，知识点较抽象，平时学习时需要理解加记忆．