解题思路：卢瑟福的粒子散射实验中，绝大多数α粒子穿过金箔沿原方向前进，说明原子核只占很小的空间，分子间的作用力做正功，则分子势能减少；作用力做负功，则分子势能增加，一切与热现象有关的宏观过程过程都具有方向性，布朗运动是液体分子对悬浮颗粒碰撞作用不平衡造成的．
A、卢瑟福的粒子散射实验中，绝大多数α粒子穿过金箔沿原方向前进，说明原子核只占很小的空间，A错误；
B、分子间的作用力做正功，则分子势能减少；作用力做负功，则分子势能增加，B正确；
C、根据热力学第二定律，一切与热现象有关的宏观过程过程都具有方向性，C错误；
D、布朗运动是液体分子对悬浮颗粒碰撞作用不平衡造成的，D正确；
故选BD
点评：
本题考点： 热力学第二定律；布朗运动；粒子散射实验．
考点点评： 本题考查了热力学第二定律的相关知识，难度不大．