解题思路：化石是由生物体的坚硬部分形成的，如植物茎的化石，动物的牙齿、骨骼、贝壳等的化石，有些化石则是生物体的印痕所形成的，如树叶的印痕化石，因此所有的化石都是生物的遗体、遗物（如卵、粪便等）或生活痕迹（如动物的脚印、爬迹等），由于某种原因被埋藏在地层中，经过若干万年的复杂变化而逐渐形成的．
（1）、（2）有关生命起源的学说有很多，其中化学起源说是被广大学者普遍接受的生命起源假说．米勒的实验证明生命起源过程原始大气→有机小分子阶段．在研究生物进化的过程中，化石是最重要的、比较全面的证据，化石在地层中出现的先后顺序，说明了生物是由简单到复杂、由低等到高等、由水生到陆生逐渐进化而来的，始祖鸟化石说明了鸟类是由古代的爬行动物进化来的等；生物进化最直接、最主要的证据是化石．
（3）人类的进化通常分为南方古猿、能人、直立人、智人四个阶段．其中南方古猿只能使用天然工具；能人能制造简单的工具（石器）；直立人会打制不同用途的石器，学会了用火；智人已经学会了人工取火，会制造精细的石器和骨器，能用骨针缝制兽皮衣物，可用标枪和长矛进行狩猎、捕鱼．
故答案为：（1）生命起源过程原始大气→有机小分子阶段 化石
（2）简单到复杂 水生到陆生
（3）直立人
点评：
本题考点： 人类的起源和进化．
考点点评： 理解生物进化规律是解答的关键．