A、SARS病毒既不是真核生物，也不是原核生物；蘑菇是一种真菌，属于真核生物，A错误；
B、酵母菌是真菌，属于真核生物，B错误；
C、蓝藻和根瘤菌都属于原核生物，C正确；
D、衣藻和变形虫都属于真核生物，D错误．
故选：C．