The framewor involves （整个框架包括）
using probabilistic modeling to identify （使用概率统计模型来识别）
links between
hydrogeomorphic descriptors of urbanization effects （城市化影响水文地貌的描述符）
with
geomorphic and biotic endpoints （地貌和生物终结点的）
of primary interest to stakeholders and decision-makers.（主要受益人和决策人）
我这样一行行拆分句子,相信聪明的LZ可以找到答案.
1.to identify 是识别和区分的意思,本质没什么差别,你的理解没错；
2.link between A with B:A与B之间的联系；
3.我拆分的断句可以看到,这个 and 分的是geomorphic和biotic endpoints.
有什么不懂可以继续问我,