解题思路：流经该生态系统的总能量是生产者通过光合作用固定的全部太阳能，建立该人工生态系统的目的是实现对能量的多级利用，提高能量的利用率，减少环境污染．与种植单一作物的农田相比，该生态系统生物种类多，自我调节能力强，建立该生态系统遵循的原理主要是物质循环再生原理和生物多样性原理．
A、生态学原理是生态农业的主要理论基础，A正确；
B、生态农业模式的建立，实现了物质的循环利用和能量的多级利用，并不能实现能量的循环利用，B错误；
C、实现废物资源化，提高能量的转化效率，减少环境污染，C正确；
D、对害虫进行生物防治有利于保护生物多样性，提高了农业生态系统的稳定性，D正确．
故选：ACD．
点评：
本题考点： 生态农业工程．
考点点评： 本题主要考查学生的分析和理解能力．要注意：（1）生态工程实例的模式各具特色，关键是理解其中运用的主要生态工程原理．（2）进行生态工程建设时，应该积极利用自然生态系统强大的自我恢复力，节省投资．（3）生态工程的恢复作用是有限的，不能误认为只要有生态工程就可以走发达国家“先污染、破坏，后治理”的老路．