三棱锥S-ABC的三条侧棱两两垂直,且SA=2,SB=SC=4,则该三棱锥的外接球,
就是三棱锥扩展为长方体的外接球,所以长方体的对角线的长度为:
2 2 + 4 2 + 4 2 =6,
所以该三棱锥的外接球的半径为:3.
故选A.