解题思路：本题主要考查了现代生物进化理论的内容．
种群是生物进化的基本单位，生物进化的实质是种群基因频率的改变．突变和基因重组，自然选择及隔离是物种形成过程的三个基本环节，通过它们的综合作用，种群产生分化，最终导致新物种形成．在这个过程中，突变和基因重组产生生物进化的原材料，自然选择使种群的基因频率定向改变并决定生物进化的方向，隔离是新物种形成的必要条件．
A、．突变和基因重组，自然选择及隔离是物种形成过程的三个基本环节，A错误；
B、共同进化是指生物之间和生物与无机环境之间相互选择共同发展的过程，B错误；
C、自然选择的直接选择对象是个体的表现型，本质是基因频率的定向改变，C正确；
D、自然选择使种群的基因频率定向改变并决定生物进化的方向，基因突变的方向是不定向的，有可能与生物进化的方向一致，D错误．
故选：C．
点评：
本题考点： 现代生物进化理论的主要内容；基因频率的变化．
考点点评： 现代生物进化理论的主要内容是学习的重点知识．本题主要考查学生对知识的记忆和理解能力，要注意辨析．