解题思路：染色体变异包括染色体数目变异和染色体结构变异（重复、缺失、倒位和易位）．
基因自由组合定律的实质是：位于非同源染色体上的非等位基因的分离或自由组合是互不干扰的；在减数分裂过程中，同源染色体上的等位基因彼此分离的同时，非同源染色体上的非等位基因自由组合．
①、染色体中DNA的脱氧核苷酸数量、种类和序列，三者中有一个发生改变，不一定会引起染色体变异，染色体变异包括染色体结构和数目变异，①错误；
②、一个质粒（环形DNA）的碱基数为m个，该质粒完全水解时需消耗水分子数m个，②错误；
③、减数第一次分裂后期，随着同源染色体分离，非同源染色体自由组合，会导致等位基因分离，非同源染色体上的非等位基因自由组合，③正确；
④、基因型为Dd的豌豆在减数分裂时，会产生雌雄两种配子，雄配子数量要远多于雌配子数量，④错误．
故答案为：C．
点评：
本题考点： 染色体结构变异和数目变异；细胞的减数分裂；DNA分子结构的主要特点；基因的自由组合规律的实质及应用．
考点点评： 本题考查染色体变异、基因分离定律和自由组合定律、减数分裂，意在考查考生的识记能力和理解所学知识要点、把握知识间内在联系的能力；能运用所学知识和观点，对生物学问题作出准确的判断和得出正确结论的能力．