解题思路：根据题意分析可知：豚鼠的毛色受两对等位基因控制，符合基因自由组合规律．一只黑鼠和一只白鼠杂交，子代全部是黑鼠；又用子代黑鼠与亲代白鼠交配，子二代中白：黑等于3：1，则可推测亲本黑鼠的基因型为AABB，亲本白鼠的基因型为aabb，子代黑鼠与亲代白鼠交配类似于测交，即AaBb×aabb．
A、由于豚鼠的毛色受两对等位基因控制，子二代出现四种基因型，两种表现型，不符合分离定律的性状分离比，A错误；
B、两对等位基因位于两对同源染色体上，且没有出现交叉互换，符合基因自由组合规律，B错误；
C、后代个体数量虽少，但统计中出现的情况正常，C错误；
D、两对等位基因分别位于两对同源染色体上，且在有双显性基因存在时才表现为黑色，单显性与双隐性都表现为白色，D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 基因的自由组合规律的实质及应用；基因的分离规律的实质及应用．
考点点评： 本题考查基因自由组合规律的相关知识，意在考查学生的识记能力和判断能力，运用所学知识综合分析问题和解决问题的能力．