解题思路：四种育种方法的比较如下表：
杂交育种
诱变育种
单倍体育种
多倍体育种
方法
杂交→自交→选优
辐射诱变、激光诱变、化学药剂处理
花药离体培养、秋水仙素诱导加倍
秋水仙素处理萌发的种子或幼苗
原理
基因重组
基因突变
染色体变异（染色体组先成倍减少，再加倍，得到纯种）
染色体变异（染色体组成倍增加）
A、杂交育种属于个体水平，诱变育种、基因工程育种都属于分子水平的操作，但多倍体育种和单倍体育种是在细胞水平的操作，A错误；
B、基因工程育种能产生定向的可遗传变异，B错误；
C、诱变育种能通过产生新基因从而产生新性状，C错误；
D、五种育种方式的原理是基因重组、染色体变异、基因突变、染色体变异、基因重组，都属于可遗传变异，D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 生物变异的应用．
考点点评： 本题将几种不同的育种方法结合在一起，考查了学生的育种方法及分析能力，训练了学生的综合实践能力．准确判断各种育种方法运用的原理是解答本题的关键．