(1)∵椭圆C:+=1(a>b>0)的一个顶点为M(0,1),
F1,F2为其两焦点,△MF1F2的周长为2+4,
∴,解得.
∴椭圆C的方程是.
(2)假设存在等腰直角三角形MAB,
由题知直角边MA,MB不可能平行或垂直x轴.
∴设MA所在直线的方程是y=kx+1(k>0),
则MB所在直线的方程是,
由,
得A(-,-),
∴.
用替换上式中的k再取绝对值,得,
由|MA|=|MB|,得k(5+k2)=1+5k2,
解得k=1或.
∴存在三个内接等腰直角三角形MAB.
直角边所在直线的方程是y=x+1、y=-x+1,或、,
或、.