解题思路：阅读题干可知本题涉及的知识点是生物科学研究方法，梳理相关知识点，然后根据选项描述结合基础知识做出判断．
A、通过建构物理模型，可以研究DNA分子结构；构建数学模型，可以研究种群数量增长规律，A正确；
B、研究细胞器时，可以先采用差速离心法将各种细胞器分离开来，再进行研究，B正确；
C、摩尔根采用假说演绎法验证基因在染色体上，合理地解释了果蝇红白眼性状的遗传现象，C正确；
D、样方法一般用于调查植物种群密度，也可以用于调查一些活动能力较弱，活动范围较小的动物；标志重捕法一般用于调查活动能力较强、活动范围较广的动物的种群密度；而调查土壤动物的丰富度时，往往采用取样器取样法，D错误．
故选：D．
点评：
本题考点： 估算种群密度的方法；DNA分子结构的主要特点；伴性遗传；种群数量的变化曲线．
考点点评： 本题考查生物学学习与研究的科学方法的相关知识，意在考查学生的识记能力和判断能力，运用所学知识综合分析问题和解决问题的能力．