解题思路：生物膜系统概念：内质网、高尔基体、线粒体、叶绿体、溶酶体等细胞器膜和核膜、细胞膜等结构共同构成细胞的生物膜系统．
功能：（1）保证内环境的相对稳定，对物质运输、能量转换和信息传递等过程起决定作用．
（2）为多种酶提供附着位点，是许多生物化学反应的场所．
（3）分隔细胞器，保证细胞生命活动高效、有序地进行．
①有氧呼吸过程包括三个阶段，均能产生ATP，其中第一阶段的场所在细胞质基质、第二阶段的场所在线粒体基质，故①错误；
②生物膜系统能使细胞具有一个相对稳定的内环境，在细胞与环境之间进行物质运输、能量交换和信息传递的过程中也起着决定性的作用，故②正确；
③叶绿体是光合作用的场所，但在叶绿体的内膜上却没有与光合作用有关的酶，故③错误；
④生物膜的主要成分是脂质和蛋白质，构成膜的脂质中含量最丰富的是磷脂（磷脂双分子层是生物膜的基本骨架），其次胆固醇也是生物膜的重要组成成分，故④正确；
⑤并不是所有的酶都在生物膜上，如细胞质基质是新陈代谢的主要场所，其中也含有大量的酶，故⑤错误；
⑥细胞内的生物膜把细胞分隔成一个个小的区室，这样就使得细胞内能够同时进行多种化学反应，而不会相互干扰，保证了细胞的生命活动高效、有序地进行，故⑥正确．
故选：A．
点评：
本题考点： 细胞膜系统的结构和功能．
考点点评： 本题考查生物膜的结构和功能等相关内容，意在考查考生的识记和理解能力，属于中档题．