解题思路：本题主要考查了现代生物进化理论的内容．
种群是生物进化的基本单位，生物进化的实质是种群基因频率的改变．突变和基因重组，自然选择及隔离是物种形成过程的三个基本环节，通过它们的综合作用，种群产生分化，最终导致新物种形成．在这个过程中，突变和基因重组产生生物进化的原材料，自然选择使种群的基因频率定向改变并决定生物进化的方向，隔离是新物种形成的必要条件．
A、盲鱼眼睛的退化是基因突变等不定向变异经黑暗环境定向选择所致，是由自然选择决定，A错误；
B、种群是生物进化的基本单位，但自然选择的对象是个体即表现型，B错误；
C、共同进化是指生物与生物之间、生物与环境之间的共同进化，生物多样性的形成是共同进化的结果，C正确；
D、引起基因频率变化的因素有突变和基因重组、自然选择、迁入和迁出、遗传漂变等，D错误．
故选：C．
点评：
本题考点： 现代生物进化理论的主要内容；生物进化与生物多样性的形成．
考点点评： 本题主要考查学生对知识的记忆和理解能力．现代生物进化理论的主要内容是学习的重点知识．要注意辨析，种群基因频率改变意味着生物进化了，但不一定产生新的物种．新物种的产生必须要经过生殖隔离．生殖隔离的产生不一定要经过长期的地理隔离，如多倍体的形成．