解题思路：根据微粒的性质回答，微粒都很小，在不断运动，构成物质的微粒间有间隔；理解分子的定义；化学反应的实质是分子先分成原子，原子再重新组成新的分子，所以原子是化学变化中的最小粒子，构成物质的基本粒子有分子、原子和离子；原子是由质子、中子和电子构成．
A、分子、原子都在不断的运动，正确；
B、有的物质是由分子构成的，有的物质是由原子直接构成，例如金属单质、稀有气体，正确；
C、原子是化学变化中的最小粒子，但原子是由质子、中子和电子构成，不正确；
D、水分子保持水的化学性质，正确．
故选：C．
点评：
本题考点： 分子和原子的区别和联系．
考点点评： 分子是保持物质化学性质的最小粒子，原子是化学变化中的最小粒子，原子是由质子、中子和电子构成．分子、原子都在不断运动都是构成物质的基本粒子．