答案：A.
through意思是通过、穿过.
这句话的意思是：这条河从东倒西流过这个城市.
B、 over在.之上（河流肯定不能从城市的上方穿过.）
C、cross作名词时是：十字架、十字路口.作动词是穿过、越过.（这里已经有个动词flow,需要介词.）
D、by
prep.1.(表示位置)在…近旁; 在身边; 靠近 2.(表示时间)不迟于; 在…时候 3.(表示方向)从…中经过 4.(表示方式)搭乘,通过; 抓住…; 靠,采取; 就…而论; 以…称呼方式; 以…的名义; 凭着 5.(表示原因)随…而来,由于（置于不带 the 的名词前,表示原因） 6.(表示方位)偏于 7.(表示环境)借着…光亮 8.(表示关涉)经过 9.(表示程度,数量)以…之差 10.（常置于表被动的动词后,表示使为者） 11.在…期间；处于某种状况 12.从…看；依；按照 13.（与 the 连用,表示时间或量度单位） 14.（表示速率） 15.（补充有关出生地、职业等的信息） 16.（起誓时用）以…的名义 17.（表示触及或抓住的人或物的部份） 18.（用于乘除运算） 19.（表示尺寸时用）