解题思路：发育成熟的种子，在适宜的环境条件下开始萌发，种子在萌发过程中所进行的一系列复杂的生命活动，只有种子不断地进行呼吸，得到能量，才能保证生命活动的正常进行，储存在种子内的有机物开始分解，释放能量，并产生二氧化碳等废物，二氧化碳能使澄清的石灰水变浑浊，这是二氧化碳的特性．
（1）瓶中是萌发的种子，萌发的种子进行呼吸作用，消耗瓶中的氧气，释放二氧化碳，过一段时间后，往瓶子里注入清水，打开阀门，是瓶子内的二氧化碳会进入试管使澄清的石灰水变得浑浊．
（2）二氧化碳能使澄清的石灰水变浑浊，这是二氧化碳的特性，该实验说明：种子萌发时进行呼吸作用，放出了二氧化碳．
（3）煮熟的种子不能进行呼吸作用，无二氧化碳放出，因此不会使澄清的石灰水变浑浊．
故答案为：（1）变浑浊
（2）呼吸作用；二氧化碳
（3）不会；煮熟的种子不能进行呼吸作用
点评：
本题考点： 探究植物的呼吸作用．
考点点评： 本题要明确是萌发的种子才具有呼吸作用，植物的呼吸作用产物是二氧化碳和水，并且释放出能量．