解题思路：基因通过控制酶的合成来控制代谢从而间接控制生物的性状．3对基因独立遗传，遵循基因的自由组合定律．已知基因A控制合成酶1，基因B控制合成酶2，基因b控制合成酶3．有A则甲可以生成乙，有B乙可以生成丙，没有B（bb）乙可以生成丁．aa的物质甲（尿酸盐类）在体内过多积累，导致成体会有50%死亡．
：（1）由题意分析可知，丙物质积累表现为青色壳，所以青色壳必须是能产生乙和丙物质的，因此明蟹的青色壳是由2对基因控制（要同时具有A和B），其基因型为AABb、AABB、AaBB、AaBb四种．
（2）两只青色壳明蟹（A-B-）交配，后代成体只有灰白色明蟹（aa--）和青色明蟹（A-B-），且比例为1：6．因为后代出现了aa，所以双亲都是Aa；又因为aa的物质甲（尿酸盐类）在体内过多积累，导致成体会有50%死亡，所以后代aa--：A-B-=2：6，即aa--占[1/4]，A-B-占[3/4]．所以第二对基因没有性状分离，一个是BB、另一个Bb，因此亲本基因型组合为AaBB×AaBb．
（3）基因型Aa×Aa个体杂交，后代的基因型有AA、Aa、aa3种，基因型Bb×Bb个体杂交，后代的基因型有BB、Bb、bb3种．因此基因型AaBb×AaBb的个体杂交，后代的基因型有3×3=9种．由于aa使甲物质积累表现为灰白色壳，丙物质积累表现为青色壳，丁物质积累表现为花斑色壳，所以AaBb×AaBb杂交，则后代中成体的表现型及比例为青色：花斑色：灰白色=9：3：2（aa50%个体死亡）．
（4）根据题意和图示分析可知：灰白色壳明蟹的出现说明基因与性状之间的关系是基因通过控制酶的合成控制代谢，从而控制生物性状．
故答案为：
（1）AABB、AaBB、AABb、AaBb
（2）AaBb×AaBB
（3）9 青色壳：花斑色壳：灰白色壳=9：3：2
（4）酶的合成
点评：
本题考点： 基因的自由组合规律的实质及应用．
考点点评： 本题主要考查基因对性状的控制以及在基因自由组合中一些特殊情况的计算．容易出错的地方在不会判断各种颜色的基因型，因此解题的关键在于如何将各种颜色的基因型分析清楚．