解题思路：本题是对生物进化的考查，变异为生物的进化提供原材料，变异的不定向的，自然选择是定向的；生物进化是生物与生物之间，生物与无机环境之间在相互影响中不断发展和进化，生物进化的实质是基因频率改变．
A、变异是不定向的，自然选择使具有有利变异的个体有更多的机会产生后代，相应的基因频率会不断提高，其等位基因的基因频率逐渐下降，因此自然选择是定向的，A正确；
B、进化是生物与生物、生物与无机环境之间在相互影响中不断发展和进化的共同进化，B正确；
C、由B项分析可知，C正确．
D、生物进化的实质是种群基因频率的改变，D错误．
点评：
本题考点： 基因频率的变化；基因突变的特征；生物进化与生物多样性的形成．
考点点评： 本题的知识点是突变的特点，自然选择决定生物进化的方向，生物进化的实质，生物与生物之间，生物与无机环境之间的共同进化，对现代生物进化理论内容的理解是解题的关键．