结构蛋白本身带有滞留信号,是不分泌出细胞的,所以不像分泌蛋白那样一定会经过内质网、高尔基体,而且必然不会经过细胞膜.
合成的过程的话,先由细胞核中DNA转录产生相应的mRNA,mRNA通过核孔出细胞核,在核糖体上进行翻译,由tRNA携带相应的氨基酸依次连续合成蛋白质肽链.蛋白质都是在核糖体上合成的,并且起始于细胞质基质.有些蛋白质在合成开始不久后便转在内质网上合成（主要有：①向细胞外分泌的蛋白、如抗体、激素；②跨膜蛋白,并且决定膜蛋白在膜中的排列方式；③需要与其它细胞组合严格分开的酶,如溶酶体的各种水解酶；④需要进行修饰的蛋白,如糖蛋白.）内质网合成的蛋白质随后进入高尔基体进行加工、分类、与包装,然后分门别类地送到细胞特定的部位或分泌到细胞外.
另外,作为一项耗能的生命活动,结构蛋白的合成与加工需要有氧呼吸或无氧呼吸产生ATP供能,场所的话就是线粒体或者细胞质基质咯.