解题思路：A、根据构成物质的微粒不只有分子，还有原子和离子，进行解答；
B、根据由分子的基本性质知，分子间是有间隔的进行解答；
C、根据原子的定义知原子是化学变化中的最小粒子进行解答；
D、根据在化学反应前后原子的种类和数目都保持不变进行解答．
A、构成物质的微粒不只有分子，还有原子和离子，故A错误；
B、由分子的基本性质知，分子间是有间隔，故B错误；
C、原子的定义知原子是化学变化中的最小粒子，故C正确；
D、在化学反应前后原子的种类和数目都保持不变而不是分子，故D错误．
故选：C．
点评：
本题考点： 分子、原子、离子、元素与物质之间的关系；原子的定义与构成；分子的定义与分子的特性；质量守恒定律及其应用．
考点点评： 在学习中要注意物质的构成粒子、分子和原子的定义、本质区别、分子和原子的性质及应用．