你基本都说出来了.
DNA probe 和链霉亲和素杂交在一起,而链霉亲和素能够和magnetic beads亲和结合,所以经过孵育之后,再将细胞核提取物流过beads,DNA probe是400bp的,所以和目的DNA结合力相当高,就将目的DNA留在beads里面,其他不能结合的就都被去除.最后,在用专门的洗脱液（对应于链霉亲和素）进行洗脱,得到目的DNA.
你可以看看 GST-tag ,his- tag,等等pull down assay 的实验原理,虽然这些是针对蛋白的,但是原理一样,很简单的,记得做好control就行了.