解题思路：影响基因频率变化的因素有很多，包括变异、选择、迁入和迁出、遗传漂变等．
①突变包括基因突变和染色体变异，基因突变可以产生新基因，导致种群基因频率发生改变，染色体变异会引起基因数目的变化从而导致基因频率的改变，同时基因突变和染色体变异会使生物的性状发生改变，通过自然选择作用改变种群的基因频率，①正确；
②基因重组能产生很多不同的表现型，自然选择通过作用于生物体的表现型改变种群的基因频率，②正确；
③自然选择都通过作用于个体的表现型，使适者生存，不适应者被淘汰，从而使种群的基因频率发生定向改变，③正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 基因频率的变化
考点点评： 对于影响种群基因频率变化的因素的理解，把握知识的内在联系是解题的关键．