A.It'll rain
解析：
【“助动词will 或shall＋动词原形”这一形式,表示将来发生的事情,用于征求对方的意见或表示客气的邀请.在口语中will用于所有人称,书面语中第一人称常用shall.
如：1. Tomorrow will be Sunday. 明天就是星期天.
2. The rain will stop soon. 雨很快就要停了.
3. Shall we go there at five? 我们五点钟去那儿,好吗?
4. Will you please open the door? 请你把门打开,好吗?
“be going to＋动词原形”用来表示近期或事先考虑过的将要发生的动作以及已有迹象表明必将发生某事,意为“打算；就要”.
如：1. We're going to meet outside the school gate. 我们打算在校门口见面.
2. Look! It's going to rain. 瞧!快下雨了. 】
is coming 是将来时.
用现在进行时表示.表示位置转移的动词
（如：go, come, leave, start, arrive等）,可用现在进行时表示将来时.
如： 1. Uncle Wang is coming. 王叔叔就要来了.
2. They're leaving for Beijing. 他们即将前往北京.
补充：
B.It's going to rain
是主观判断、
A.It'll rain
是客观现象、因为前面已经作了铺垫：根据云来判断、